Charente, 1925. Lorsque la foudre frappe les étendoirs du Moulin du Loup, provoquant un incendie qui ravage la majeure partie des bâtiments, Claire Roy est seule dans le logis qui, miraculeusement, est épargné par les flammes. Elle attend Jean, son mari, parti pour le Canada avec Angela, leur fille adoptive. Quand il rentre enfin, elle retrouve un homme taciturne et distant... Devant la famille réunie, Angela, enceinte, fait éclater la tempête qui brise les cœurs et les âmes, en clamant son amour pour Jean. Trahie et humiliée, Claire les chasse du moulin.

À Angoulême, en 1920, Faustine poursuit son métier d'enseignante auprès d'orphelines. Veuve de Denis, la jeune femme ne peut plus masquer son amour pour son ami d'enfance Matthieu. Ce qui provoque la colère de Bertrand Giraud, son beau-père et principal bienfaiteur de l'institution où elle travaille. Au "Moulin du loup", Claire doit, elle aussi, faire face à l'adversité quand sa fidèle servante et amie Raymonde meurt accidentellement en laissant trois orphelins.

"Rien n'avait changé : les falaises dressaient leurs murailles grises, les saules bordant la rivière étaient exactement à la même place, ainsi que les toits du Moulin du Loup." 1918. Après la guerre, la vie reprend peu à peu son cours normal dans la vallée des Eaux-Claires. Faustine, institutrice dans un orphelinat d'Angoulême, doit bientôt épouser Denis Giraud, riche héritier du domaine de Ponriant. Pourtant, elle est restée très attachée à Matthieu, avec qui elle a grandi.

Claire, la fille du maître papetier Colin Roy, espère le retour de Jean Dumont, son premier amour, parti travailler au loin. Même si la vie les a séparés, le jeune homme lui a confié l'éducation de sa fille, Faustine, orpheline de mère. Au moulin du Loup, la vie poursuit son cours paisible en cette année 1905. Portée par son entourage, sa passion pour l'herboristerie et sa tendresse pour Faustine, Claire a trouvé un équilibre. Mais lorsque Jean revient, il est accompagné de Térésa, une femme tapageuse.

Dans la vallée des Eaux-Claires, la jolie Claire, au tempérament rebelle, mène une jeunesse insouciante dans les ateliers du moulin où son père fabrique du papier et la campagne environnante où elle se promène avec le loup qu'elle a recueilli. Bientôt, tout s'effondre : accablé de dettes, son père la promet en mariage au fils d'un riche propriétaire, à qui elle voue une haine farouche. Or, un soir, Claire rencontre Jean, jeune bagnard en cavale.

Automne 1943. Abigaël, 16 ans et désormais orpheline, trouve refuge en Charente, dans la ferme de son oncle paternel. L'accueil n'est pas très chaleureux, car sa nouvelle famille voit d'un oeil méfiant l'arrivée de cette citadine un peu trop curieuse et vive d'esprit. Bien malgré elle, Abigaël se retrouve vite au coeur des activités de la Résistance et mêlée à de dangereux secrets. Prise dans la tourmente de l'histoire et de ses sentiments naissants pour Adrien, un jeune réfractaire au STO, elle n'a pas d'autre choix que de grandir rapidement.

Juin 1944. Abigaël a réussi à surmonter le chagrin que lui a causé le départ d'Adrien, le maquisard dont elle est éperdument amoureuse. En faisant la connaissance de Maxence Vermont, un riche notaire, la jeune femme est stupéfaite : ce nouveau venu est le sosie presque parfait d'Adrien de qui elle reste sans nouvelles. Troublée par cette ressemblance, elle tombe rapidement sous son charme. Mais au moment où se prépare un joyeux événement, le destin frappe à nouveau. La Gestapo menace en effet le bonheur de sa tante ainsi que la sécurité de tous ceux qu'elle chérit.

Septembre 1944. Angoulême libérée connaît les heures sombres de l'Épuration en attendant de retrouver sa quiétude d'antan. Abigaël, qui y commence une nouvelle existence auprès du notaire Maxence Vermont, découvre chaque jour avec amertume le véritable visage de son époux. Surtout depuis que celui-ci a éloigné du foyer Cécile, la petite sœur d'Adrien, le maquisard dont la jeune femme était follement éprise et qui a disparu.

À l'aube de l'été 1948, la guerre continue de hanter les esprits. Chacun pleure ses disparus et tente de guérir ses blessures. Pourtant, sur la vallée des Eaux-Claires souffle un vent de renouveau : Abigaël vit désormais auprès de son grand amour Adrien et s'apprête à donner le jour à leur premier enfant. Mais l'accouchement est une épreuve, et la Messagère des anges ne doit sa survie qu'au retour inopiné de Claire Roy, la maîtresse du Moulin du Loup.

Décembre 1944. Installée à Angoulême avec son époux, le notaire Maxence Vermont, Abigaël tente de s'adapter à son nouveau statut social. Si la jeune femme envisage l'avenir plus sereinement, elle a malgré tout la sensation d'être prisonnière d'une cage dorée. Mais le destin lui réserve un magnifique cadeau de Noël en la personne d'Adrien, son grand amour. Le jeune homme, qu'elle n'a jamais réussi à oublier, est de retour, bel et bien vivant.

À Paris, une jeune femme se jette dans la Seine du haut du Pont-Neuf. Tourmentée par son passé, Élisabeth ne peut plus vivre avec son terrible secret. Quelques semaines auparavant, elle a fui le château des Laroche, sa famille biologique, en Charente, pour se réfugier dans la capitale. Sauvée par les mariniers, Élisabeth se livre enfin à son fiancé et lui raconte l'intolérable vérité.

Dans le refuge que représente pour eux le vieux chalet du vallon des loups, Soline et Benjamin attendent patiemment le printemps qui verra la naissance de leur fille. Mais l'ombre menaçante du tueur les obsède et, comme son ami l'inspecteur Dambert, la jeune femme pressent que l'homme qui l'a harcelée peut réapparaître et lui nuire à nouveau, en semant la mort autour d'elle. Guidée par son intuition, Soline commence aussi à douter de la sincérité de Benjamin. Son compagnon semble lui cacher une terrible vérité sur leur enfance et malgré sa promesse, il refuse d'en parler.

Septembre 1946. Dans le Morbihan, à Locmariaquer, Lara, jeune fille de 18 ans au caractère passionné, tente d'oublier les terribles années qui viennent de s'écouler. Malgré les blessures laissées par la guerre, la vie reprend lentement son cours, lorsqu'un drame frappe la région : le corps d'une jeune fille est découvert sous un dolmen. La malheureuse est vêtue d'une tunique blanche et a été égorgée.

Lara est désespérée depuis l'enlèvement d'Olivier. Sa jeune sœur Fantou se ronge elle aussi d'angoisse pour Daniel, l'homme qu'elle aime et qui a également disparu. Ce sont des heures éprouvantes, qui exaspèrent les esprits et font naître de nouveaux soupçons. Quant au commissaire Nicolas Renan, il se débat au sein d'une enquête de plus en plus complexe, sur laquelle se greffent les sautes d'humeur de sa maîtresse, Loïza.

Après trois ans passés au Venezuela, où ils se sont réfugiés pour fuir les menaces qui pesaient sur eux, Lara et Olivier reviennent à Locmariaquer, suite à l'annonce inespérée du retour du père de Lara, Louis Fleury. Mais le bonheur des retrouvailles est de courte durée. Lara ne reconnaît plus son père en l'homme tourmenté qu'il est devenu, et la mort continue de rôder sur le Morbihan. D'autres crimes ont été commis durant leur absence, toujours selon le même rituel. Malgré les efforts de Nicolas Renan, promu commissaire, l'enquête stagne.