Mayak, complexe nucléaire en Russie. Au cœur de la nuit, un commando tchétchène dérobe deux cargaisons d'uranium hautement enrichi. Tomás Noronha est en vacances lorsque Frank Bellamy, directeur des Sciences et de la Technologie de la CIA, prend contact avec lui. Le cryptologue portugais doit les aider à déchiffrer un message d'Al-Qaïda qui pourrait bien être une menace planétaire.

Seule au cœur de la bibliothèque vaticane, Patricia Escalona, éminente paléographe, étudie le "Codex Vaticanus", l'un des plus anciens exemplaires de la Bible. Un document aussi sacré qu'exceptionnel qui causera sa perte : elle est égorgée, et un message codé est laissé près de son corps. D'abord suspecté, Tomás Noronha, historien et cryptologue, finit par apporter son aide à Valentina, l'inspectrice chargée de l'enquête. Alors que les meurtres s'enchaînent, ils vont devoir plonger dans les mystères du livre sacré pour comprendre les motivations de l'assassin.

Alors qu'une équipe de chercheurs du CERN est sur le point de réussir à observer le Bosson de Higgs, plus connu sous le nom de particule de Dieu, le corps de Franck Bellamy, chef de la CIA, est retrouvé dans les locaux du célèbre laboratoire Genevois. Dans les mains de la victime, les enquêteurs retrouvent un mystérieux message : "La clé : Tomás Noronha."

Après lui, l'Apocalypse... La prophétie de Malachie, la vision de Pie X et l'annonce faite par Marie aux jeunes bergers de Fátima, ne pourraient être plus claires : le pape actuel sera le dernier de l'histoire des hommes. Le souverain pontife lui-même en est persuadé. Requis par le Saint-Siège à propos d'une sombre histoire de documents volés, l'historien Tomás Noronha accorde peu de foi à ces élucubrations. L'enlèvement du Saint-Père, le soir même, le détrompera. Quant aux caves du Vatican, elles recèlent plus d'un Judas... Et plus d'un coin d'ombre.

Les immenses radiotélescopes de l'institut SETI en Californie viennent de capter un signal inhabituel venu de l'espace sur la fréquence 1,42 GHz. Un signe de vie. La Nasa, l'Agence spatiale européenne et la CNSA en Chine préparent une mission internationale pour découvrir qui émet ce signal. En tant que cryptanalyste reconnu dans le monde entier, Tomás Noronha est recruté pour faire partie de l'équipe des astronautes qui seront à bord de la navette Atlantis.