Det är "mörkertid". Den månad då solen inte når upp över horisonten. Man kan ana att den finns där eftersom molnen i öster färgas röda. Dagsljuset blir bara till några få blå timmar. I ett skyddsrum på Esranges raketskjutfält gör Nils Mattis ett obehagligt fynd: en människas kropp, bestialiskt styckad. Det faktum att han själv just tjuvskjutit en älg i området håller honom från att kontakta polisen vilket väcker misstankar när polisen ändå upptäcker att han varit där. Återigen får åklagare Anna Magnusson rycka in och försvara familjen.

På polishuset nere i Kiruna försöker Melker Grundström, vikarierande kommissarie från Storuman, ta ställning till det problem med renstölder som den lokala polisen år efter år slingrat sig undan. Nu ska han dessutom ta hand om utredningen av den döde i skyddsrummet. Melker använder de korta dagarna till att försöka reda ut vem den döde egentligen är och varför han blivit mördad på ett så brutalt sätt. När han äntligen tror att han lyckats identifiera mannen, kompliceras situationen betydligt av att man hittar den döde från skyddsrummet en gång till. Den här gången ligger han på golvet i sin egen lägenhet, skjuten i huvudet med ett grovkalibrigt vapen.

Mörkertid är en isande thriller om konflikter och motsättningar i ett litet samhälle norr om polcirkeln dit vintersolen aldrig når.