The product of a troubled and violent youth, Amanda Ripley is hellbent to discover what happened to her missing mother, Ellen Ripley. She accepts an assignment with a Weyland-Yutani team being sent to retrieve the Nostromo flight recorder from space station Sevastopol, which they find out of control due to a Xenomorph that was brought there with the recorder. A conspiracy unfolds, revealing ever greater threats - including an entire Xenomorph hive.

As a child, Chris Hooper dreamed of monsters. But in deep space, he found only darkness and isolation. Then, on planet LV178, he and his fellow miners discovered a storm-scoured, sand-blasted hell - and trimonite, the hardest material known to man. When a shuttle crashes into the mining ship Marion, the miners learn that there was more than trimonite deep in the caverns. There was evil, hibernating and waiting for suitable prey.

Enfant, Chris Hooper rêvait souvent de monstres. Mais dans le fin fond de l'espace, il n'a trouvé que la solitude et l'isolement. Une fois arrivés sur la planète LV178, Hooper et ses compagnons de bord ont découvert une terrible tempête de sable, un véritable enfer... et de la trimonite, la matière la plus dure connue de l'homme. Quand une navette s'écrase dans le vaisseau spatial le Marion, les mineurs installés sur la planète apprennent qu'il y avait bien plus que de la trimonite au fond des cavernes.

Quand Ellen Ripley retourne enfin sur Terre, c'est pour découvrir que LV-426, la planète sur laquelle l'équipage du Nostromo est pour la première fois entré en contact avec les terribles/monstrueux Xenomorphes, a été rebaptisée Acheron. Protégés par un régiment de Marines coloniaux, les colons essaient de terraformer la planète balayée par les tempêtes. Au-delà des conditions de vie extrêmes et des combats journaliers imposés par ce nouveau monde, l'espoir et l'humanité demeurent.

300 ans après les événements d'"Alien - La Sortie des Profondeurs" et "Alien - Le Fleuve des Souffrances", "Alien - La Mer des Désolations" retrace la redécouverte des Xénomorphes (Aliens) en état de sommeil dans les mines abandonnées de LV-178, le planétoïde d'"Alien - La Sortie des Profondeurs", désormais transformé et renommé New Galveston. La Weyland-Yutani Corporation, réformée après l'effondrement de l'armée du système des Nations Unies, poursuit ses efforts incessants pour armer les créatures.