Cette espèce se rencontre en Asie du Sud, en Asie du Sud-Est et en Océanie.

Le nombre de crocodiles marins a beaucoup diminué dans la plus grande partie de leur zone de présence, notamment en Thaïlande, au Cambodge, au Laos, au Sri Lanka et au Viêt Nam ; l’espèce est proche de la disparition dans plusieurs de ces pays. C'est cependant le crocodilien le moins susceptible de s'éteindre complètement, en raison de sa large répartition en Australie du Nord et en Nouvelle-Guinée. En Inde, ce crocodile est extrêmement rare dans la plupart des zones mais très commun dans le Nord-Est du pays (principalement l’Odisha et le Sundarbans). La population est sporadique en Indonésie et en Malaisie, où certaines zones abritent de grandes populations (Bornéo par exemple), et d’autres, de très petites populations « à risque » (les Philippines). Le crocodile marin est également présent dans des zones très limitées du Pacifique sud, avec une population moyenne[pas clair] dans les îles Salomon, une très petite population proche de l’extinction au Vanuatu (officiellement, trois individus) et une population à risque aux Palaos mais susceptible de se renouveler.

Les crocodiles marins étaient autrefois présents dans l’Ouest de l'Afrique, jusqu’à la côte orientale, aux îles Seychelles et à Madagascar, et tout le long de la côte africaine. Ces crocodiles ont été considérés comme une population des crocodiles du Nil, mais ont été plus tard reconnus en tant que Crocodylus porosus.