Suite à un attentat sur une station de forage américaine en Arabie Saoudite, Mulder et Scully découvrent sur place une série de phénomènes inquiétants qui leur rappellent plusieurs affaires passées. S'approcheraient-ils enfin de la source de l'huile noire, cette matière qui prend possession des personnes qu'elle touche !

Mulder reçoit d'étranges appels téléphoniques et des signes laissent entendre que Mr X cherche à le contacter. Ce serait parfait si Mr X n'était pas mort depuis dix ans. Mulder en apprendra beaucoup plus sur l'huile noire.

Alors qu'ils enquêtent sur un attentat anti-avortement, Mulder et Scully découvrent que la folie meurtrière peut aussi avoir des origines extra-humaines.

Mulder et Scully ont officiellement repris du service mais se retrouvent plus que jamais confrontés à d'étranges incohérences paranormales dans cette suite d'"X-Files : Les nouvelles affaires non classées". Alors qu'ils pensaient le Syndicat démantelé, une menace bien plus importante se présente à eux : les membres de l'organisation refont surface et semblent répondre aux ordres de quelqu'un - ou quelque chose - dont les moyens et les intentions représentent une véritable menace pour le sort de l'humanité.

La luxueuse station balnéaire de Martha's Vineyard est le théâtre de cinq disparitions. Mulder et Scully, récemment ré-affectés au bureau des affaires non classées, prennent l'enquête en main et en découvrent un peu plus sur une des premières menaces qu'ils avaient dû affronter.